W analogicznym wskaźniku dla wód jeziornych (IOJ) ma przypisaną jedną z najwyższych wartości wskaźnikowych indeksu trofii i również nie jest gatunkiem referencyjnym (wskaźnik ten nie uwzględnia indeksu saprobii). + Wartości wskaźnikowe Nitzschia capitellata stosowane w państwowym monitoringu środowiska w Polsce kategoria wód indeksy trofii indeksy saprobiiTI – wartość wrażliwości taksonuwTI – wartość wagowa taksonuSI – wartość wrażliwości taksonuwSI – wartość wagowa taksonurzeki3,853,42zbiorniki zaporowe4532jeziora7,33nie dotyczynie dotyczy
Gatunek ekstremofilny, często występuje w wodach o warunkach odbiegających od typowych. Może dominować wśród organizmów metaloopornych w zbiorowiskach fitobentosu wód będących odbiornikami ścieków ze zrzutem metali (np. Stoła, Graniczna Woda). Współdominuje również w gorących źródłach (o temperaturze od 24 °C do 71 °C) siarczanowych Wysp Kurylskich i Sachalinu. Stwierdzany w środowisku o pH ≤3,5 (zarówno w siedliskach naturalnie kwaśnych, jak i antropogenicznie zakwaszonych). Występuje w wodach zanieczyszczonych ściekami komunalnymi, np.