Udział w wojnie domowej w Rosji Podczas wojny domowej w Rosji, po wybuchu buntu Korpusu Czechosłowackiego przyłączył się do ruchu białych, tworząc na wezwanie Aleksieja Griszyna-Ałmazowa 3 Korpus Uralski. Dowodził tą jednostką od czerwca 1918 r. do stycznia 1919 r. Korpus jesienią 1918 r. osiągnął stan dwóch dywizji i dwóch brygad, łącznie 5 tys. żołnierzy.
3 stycznia 1919 r., planując generalną ofensywę przeciwko Frontowi Wschodniemu Armii Czerwonej, adm. Aleksandr Kołczak mianował go głównodowodzącym Armii Zachodniej, jednego z trzech wielkich związków operacyjnych w strukturze Armii Rosyjskiej dowodzonej przez Kołczaka. Oprócz utworzonych przez Chanżyna oddziałów weszły do niej również siły kozackie pod dowództwem gen. Piotra Biełowa, łącznie ok. 40 tys. żołnierzy i 197 działJ. D. Smele, Civil war..., s. 314.. Podczas wiosennej ofensywy sił Kołczaka w pierwszej połowie kwietnia 1919 r. Armia Zachodnia pod dowództwem Chanżyna powstrzymała marsz 5 Armii Czerwonej w kierunku Złatousta, a następnie sama przeszła do kontruderzenia. 7 marca jednostki Armii Zachodniej zajęły Bielebiej, 10 marca Birsk, 14 marca - UfęJ. D. Smele, Civil war..., s. 309., skąd 5 Armia, licząca jedynie 11 tys. żołnierzy, się wycofała. 10 kwietnia zajęły Bugulmę.