Przeciwnikami są najczęściej Shadows – istoty, których projekt postaci oparty jest na mitologii oraz wierzeniach (przykładowo: Walkirie, Ra, Baphomet, Ganesha). Jeśli podczas przeszukiwania pałaców gracz zostanie wykryty lub ucieknie przed przeciwnikiem, rośnie wskaźnik wykrycia. Jeśli dojdzie on do setki, bohater zostaje automatycznie wyrzucony do świata rzeczywistego i będzie zmuszony do powrotu do pałacu następnego dnia. Tytułowe „persony” to manifestacje osobowości bohaterów. Postaci w drużynie używają jednej przypisanej im persony. Główny bohater posiada „dziką kartę”, która umożliwia mu zdobywanie innych person, za pomocą negocjacji z Shadows. Velvet Room umożliwia dodatkowe działania: persony mogą być łączone, w celu utworzenia kolejnych z nich; można je również poświęcić, by zwiększyć doświadczenie wybranych person lub stworzyć z nich przedmioty.
Fabuła Akcja dzieje się w 2016 roku w Tokio, w akademii Shujin. Podczas zajęć w szkole szesnastoletni bohater wraz ze swoim przyjacielem Ryujim Sakamoto dzięki aplikacji na telefonie wkracza do innego świata, zwanego Metaverse. Ich przewodnikiem zostaje antropomorficzny kot o imieniu Morgana.