Od marca 1945 podjął pracę zawodową i społeczną, m.in. organizował akcję socjalną na Śląsku. Działał w Robotniczym Towarzystwie Przyjaciół Dzieci. Współpracował m.in. z Henrykiem Dinterem. Od 1947 do 1949 prowadził wykłady na Uniwersytecie Łódzkim (Katedra Pedagogiki Społecznej). Następnie (do 1957) pracował w Departamencie Urządzeń Komunalnych i Socjalnych Państwowej Komisji Planowania Gospodarczego. W 1957 został wybrany na prezesa Towarzystwa Przyjaciół Dzieci. Był współinicjatorem powołania Towarzystwa Wolnej Wszechnicy Polskiej. Od 1957 pracował w Ministerstwie Oświaty i wraz z Ottonem Lipkowskim reorganizował polską opiekę nad dziećmi. W latach 1959–1969 wykładał w Państwowym Instytucie Pedagogiki Specjalnej. Od 1960 do 1966 był na etacie wiceprezesa TPD, a w 1966 przeszedł na emeryturę.
W ciągu całego swojego życia zawodowego współpracował z takimi pedagogami, jak Janusz Korczak, Maria Grzegorzewska, Kazimierz Lisiecki i Kazimierz Jeżewski. Jego działania inspirowane były też myślą Heleny Radlińskiej.
Zmarł w Warszawie, pochowany 23 lipca 1982 na cmentarzu Bródnowskim (sektor 47M-6-7).
Pośmiertnie, w październiku 1998 Stanisław i Zofia Papuzińscy zostali uhonorowani tytułem i medalem Sprawiedliwy wśród Narodów Świata.