Mateusz Pretoriusz (Matthäus Prätorius, Matthaeus Praetorius, ur. w 1635 w Kłajpedzie, zm. 3 października 1704 w Wejherowie) – prusko-polski duchowny ewangelicki i katolicki, historyk, etnograf, poeta i teolog nawołujący do ekumenizmu.
Życie Mateusz Pretoriusz urodził się w 1635 roku w Kłajpedzie, był synem Krzysztofa, tamtejszego ministra luterańskiego. Studiował filozofię na Uniwersytecie Królewieckim, gdzie uzyskał tytuł magistra, oraz teologię na Uniwersytecie w Rostocku. W latach 1661–1665 był adiunktem litewskiej parafii ewangelickiej w Kłajpedzie, a następnie, do roku 1685 proboszczem ewangelickiej parafii we wsi Niebudzie (niem. Niebudszen) koło Wystruci.
W okresie pobytu na Małej Litwie badał tamtejszą historię, kulturę i język. Wraz z historykiem Krzysztofem Hartknochem odbył wyprawę naukową do Sambii, badając kulturę Prusów.
W 1681 roku nawiązał kontakty z Joachimem Pastoriusem, a rok później z jezuitami. W 1684 roku przebywał w Opactwie Cystersów w Oliwie. Po roku przeszedł na katolicyzm i przyjął tam sakrament święceń. W 1685 roku otrzymał też tytuł historiografa i sekretarza króla Jana III Sobieskiego. Następnie został proboszczem w Brodnicy, potem w Starogardzie Gdańskim, a od 1687 roku ostatecznie w parafii Świętej Trójcy w Wejherowie.