W kolejnych latach został domowym kapłanem wpływowego wodza klanu Ásbirningar Kolbeinna Tumasona. Stał się jednym z najbardziej znanych duchownych w kraju, a dzięki poparciu Tumasona w 1203 przyjął sakrę biskupią i obiął biskupstwo w Hólarze.
Biskup Hólaru Jako biskup Guðmundur kontynuował pracę poprzedników. Dążył do zachowania struktury władzy w Kościele i uniezależnienia od lokalnych władców. Był także przekonany, że bogactwo psuje Kościół, dlatego często obdarowywał miejscową ludność, sprowadził do biskupstwa wielu zubożałych krewnych i rozdawał majątki, co powodowało niezadowolenie lokalnych wodzów. W kolejnych latach konflikt umacniał się coraz bardziej. Guðmundur sprawował sądy nad podległymi mu kapłanami, dając wyraz, że duchowni nie powinni podlegać prawu krajowemu.