Druga wyprawa Styczeń 1897 roku. Oddziałom złożonym z ponad 200 żołnierzy po raz kolejny nie udało się zdobyć Canudos. Wojska Conselheiro były uzbrojone w broń odebraną policjantom z pierwszej wyprawy, mogły zatem skutecznie stawić czoła najeźdźcom i zadać im duże straty. Klęska wojsk wysłanych przez władze stanu sprawiła, że lokalną potyczkę zaczęto postrzegać jako zagrożenie dla całego kraju i dla republiki. Przytaczano wypowiedzi Antônio Conselheiro, które miały rzekomo świadczyć o tym, że porównuje on zmierzch monarchii do końca świata.
Trzecia wyprawa mały|Jedyna istniejąca fotografia Antônio Conselheiro, 1897 Na czele trzeciej wyprawy w marcu 1897 roku stanął pułkownik Moreira César, który miał już doświadczenie w walkach przeciwko regionalnym separatystom. Brał udział w brutalnym stłumieniu rewolty znanej pod nazwą Revolução Federalista (1893–1895) na południu kraju. Trzecia kampania przeciwko Canudos liczyła ponad 1300 żołnierzy, jednak jej dowódcy nie wzięli pod uwagę, że do zwolenników kaznodziei przyłączą się również mieszkańcy przybyli z różnych zakątków regionu, wzmacniając tym samym obronę osady. W krwawym starciu zginął pułkownik Moreira César, pułkownik Pedro Nunes Baptista Tamarindo, który go zastąpił, poniósł śmierć tego samego dnia.