Siły rządowe zaczęły zyskiwać przewagę dopiero we wrześniu. Szalę zwycięstwa na ich stronę przechyliła śmierć Antônio Conselheiro, prawdopodobnie chorego na dyzenterię. Canudos zostało zdobyte 5 października 1897 roku. Wojsko w zamian za dobrowolne poddanie się, obiecało obrońcom osady wolność, jednak słowa nie dotrzymano i ok. 25 tysięcy mieszkańców Canudos, w tym kobiet i dzieci, zostało straconych. Ciało Antônio Conselheiro zostało ekshumowane, odcięto mu głowę i spalono.
Wojna w Canudos w kulturze popularnej Literatura Wkrótce po upadku Canudos, opublikowano serię relacji naocznych świadków: żołnierzy, dziennikarzy i lekarzy.
Inne ważnie dzieła to: 1902 – Os Sertões, Euclides da Cunha 1919 – A Brazilian Mystic: Being the Life and Miracles of Antonio Conselheiro, R.B. Cunningham Graham 1952 – Le Mage du Sertão, Lucien Marchal 1970 – Sąd w Canudos, Sándor Márai 1981 – Wojna końca świata, Mario Vargas Llosa