Pomimo niechęci ze strony władz portugalskich, mieszkańcy Goa uważali go za swojego dobrodzieja i nazywali „apostołem miłosierdzia”. W 1887 roku ze względu na represje opuścił Goa i udał się do Brahmawaru, gdzie nawiązał kontakt z Malankarskim Kościołem Ortodoksyjnym i ostatecznie dokonał konwersji, czym zaciągnął na siebie ekskomunikę z rąk katolickiego arcybiskupa. Po przybyciu do Malankary złożył śluby zakonne przed biskupem Grzegorzem. Wkrótce potem założył misję w Brahmawarze mającą za cel ewangelizację miejscowej ludności. 29 lipca 1889 otrzymał sakrę biskupią z rąk metropolity Dionizego V przyjmując imię Juliusz (Alvares Mar Julius) i został mianowany arcybiskupem Indii i Cejlonu. 29 maja 1892 Juliusz wyświęcił Josepha René Vilattego na biskupa. Również w czasie pełnienia posługi biskupiej Mar Juliusz nie zrezygnował z niesienia pomocy ubogim. W późniejszych latach podupadł na zdrowiu i w 1923 roku zapadł na czerwonkę. Jego ostatnią wolą był pochówek przez malankarskiego kapłana. Zmarł 23 września 1923 w Ribandarze. Po śmierci okoliczni mieszkańcy zorganizowali uroczysty pogrzeb. Pochowano go na katolickim cmentarzu w Pandżim, cztery lata później wystawiono w tym miejscu nagrobek.