W roku 1939, w świetle zbliżającej się wojny, pracując w polskim konsulacie w Buenos Aires, poprosił swego pracodawcę Ministerstwo Spraw Zagranicznych o odesłanie go do Polski. Wrócił w pierwszej połowie września do Warszawy i został dowódcą kompanii ckm w naziemnej obronie przeciwlotniczej ze stanowiskiem na Pałacu Kronerberga i ulicy Mazowieckiej. Walczył na tym stanowisku do kapitulacji Warszawy. Wraz z innymi oficerami (był porucznikiem rezerwy) dostał się do niewoli, przebywając kolejno w obozach: Nienburg X B, w Spittal an der Drau i Woldenberg II C do 1945 roku.
Nauka i praca zawodowa Od 1914 roku Jerzy Jarnuszkiewicz uczęszczał do Polskiej Szkoły Handlowej w Łomży. Po ukończeniu szkoły średniej w Łomży w 1921 roku rozpoczął studia w SGGW w Warszawie, które ukończył 1 lipca 1925 roku ze stopniem magistra nauk agrotechnicznych – inżyniera rolnika. W kwietniu 1926 roku rozpoczął pracę w Centralnym Związku Kółek Rolniczych w Warszawie na stanowisku instruktora objazdowego rachunkowości rolniczej. Po roku został skierowany do Ministerstwa Reform Rolnych na stanowisko kierownika wydziału organizacji małych gospodarstw.