Spędził pięć dni w śpiączce, po czym zmarł wieczorem 16 grudnia 2018.

Oddźwięk i upamiętnienie Po śmierci Bartosza Niedzielskiego nastąpił szeroki odzew w publicznych wypowiedziach najwyższych polskich urzędników państwowych oraz instytucji Unii Europejskiej. 17 grudnia 2018 roku Komisja Europejska uczciła pamięć zmarłego minutą ciszy. Prezydent RP Andrzej Duda napisał, że znał Niedzielskiego z widzenia i był wstrząśnięty informacją o jego śmierci, złożył też hołd pamięci zmarłego. Premier Mateusz Morawiecki stwierdził, że „bohaterska postawa Bartosza Niedzielskiego przyczyniła się do powstrzymania mordercy w Strasbourgu” i podjął decyzję o przyznaniu specjalnej renty rodzinie działacza. Kondolencje rodzinie zmarłego złożyli przewodniczący Parlamentu Europejskiego Antonio Tajani i polskie Ministerstwo Spraw Zagranicznych.