Jest również możliwość zastosowania szczepów bakteryjnych stymulujących procesy enzymatyczne, które z kolei poprawiają biodostępność zanieczyszczeń np. WWA czy metali ciężkich. Przykładem takich mikroorganizmów są np. Bacillus megaterium lub też szczepy Pseudomonas aeruginosa UG2, mające zdolność do rozkładu mieszaniny węglowodorów.
Inną metodą oczyszczania jest dodatkowe stosowanie mikroorganizmów bytujących w strefie korzeniowej lokalnej roślinności. Mikroorganizmy – bakterie, grzyby, które żyją zwykle w przestrzeniach międzykomórkowych tkanek roślin, nie szkodząc roślinie, mogą wspomagać oczyszczanie gleb np. z toluenu, fenolu, trichloroetanolu (TCE) i itp. toksycznych substancji.
Wzmacnianie fitoremediacji zanieczyszczonych metalami ciężkimi gleb może być przeprowadzone również z wykorzystaniem tzw. bakterii promujących wzrost roślin np. szczepy Pseudomonas putida i Pseudomonas fluorescens są odporne na zanieczyszczenia kadmem i ołowiem i jednocześnie kumulacją tych związków w nadziemnych częściach rośliny.
Biopreparaty wprowadzone do gleb powinny być aktywne, niezaburzające równowagi w lokalnych ekosystemach.