Przez Braniewo wytyczona została bowiem ważna magistrala kolejowa – Pruska Kolej Wschodnia, budowana przez państwo pruskie na podstawie ustawy sejmowej z 7 grudnia 1849 roku z Berlina do Królewca, a dalej aż do granicy prusko-rosyjskiej w Ejtkunach (obecnie Czemyszewskoje)Andrzej Piątkowski Z historii linii kolejowej Wystruć-Kłajpeda Komunikaty Mazursko-Warmińskie nr 3, 425-453, 2000.. W latach 1884–1899 powstały kolejne linie kolejowe z Olsztynem przez Pieniężno oraz z Elblągiem linią biegnącą nad Zalewem Wiślanym (Kolej Nadzalewowa, niem. Haffuferbahn)Dom Konwertytów w Braniewie 1718–2015..
W końcu XIX w. Braniewo utraciło swój prymat gospodarczy nad innymi miastami Warmii. Zostało zostawione w tyle przez prężnie rozwijający się Olsztyn. Transport wodny zaczął ustępować szybszej kolei, port zaczął podupadać. Jeszcze na początku XX w. odbywał się w porcie handel przybrzeżny – do miasta docierało ponad 4,5 tys. ton towarów, a wypływało 4 tys. tonWeronika Wojnowska Braniewo. Historia. Smutek dzielnicy portowej, IKAT. Gazeta Braniewska 19 maja 2000, s. 7.