Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego wystąpiło do ministra finansów o sprawdzenie Collegium Humanum z powodu wielu sygnałów dotyczących spraw finansowych uczelni, a także wystąpiło do Polskiej Komisji Akredytacyjnej o jej kompleksową kontrolę.
W lutym 2024 r. zatrzymano sześć osób związanych z uczelnią, a jej rektorowi Pawłowi Czarneckiemu prokuratura postawiła zarzuty kierowania zorganizowaną grupą przestępczą oraz popełnienia 30 przestępstw, w tym wystawiania za łapówki „certyfikatów MBA”. 29 lutego 2024 na stanowisko nowego rektora uczelni powołana została dr hab. Ilona Makowska, prof. CH.
W połowie marca 2024 r. prokurator Śląskiego Wydziału Zamiejscowego Departamentu do Spraw Przestępczości Zorganizowanej i Korupcji Prokuratury Krajowej w Katowicach ustanowił dla uczelni i podmiotów z nią związanych zarząd przymusowy. Według prowadzącej śledztwo prokuratury, od 2019 r. ówczesny dyrektor Biura Polskiej Komisji Akredytacyjnej żądał i przyjął od rektora Collegium Humanum korzyść majątkową w łącznej kwocie nie mniejszej niż 450 tys.