All alpha – białka zawierają głównie struktury alfa helisy. All beta – białka zawierają głównie struktury beta kartki. Alpha and beta – białka zawierają naprzemienne struktury alfa helisy i beta kartki tworzące zazwyczaj równoległe beta kartki. Alpha plus beta – białka zawierają struktury alfa helisy i beta kartki występują oddzielnie, głównie antyrównoległe beta kartki. Multi domain – białka zawierają dwie lub więcej domen należących do różnych klas. Membrane and cell surface proteins – białka błonowe i związane z powierzchnią komórki, z pominięciem białek układu odpornościowego. Small proteins – małe białka, głównie zawierające ligandy jonów metali, hem i/lub mostki dwu-siarczkowe.
Pozostałe 4 klasy zawierają modele teoretyczne i struktury kwasów nukleinowych:
Coiled-coil proteins – białka zwojowe. Low resolution protein structures – Struktury białkowe o niskiej rozdzielczości, głównie fragmenty białek. Peptides – Peptydy. Designed proteins – Białka zaprojektowane, eksperymentalne struktury białkowe o zasadniczo nienaturalnych sekwencjach.