Gudiol w swojej monografii z 1983 roku wymienia jeszcze dwie inne wersje św. Franciszka autorstwa El Greco: Święty Franciszek otrzymujący stygmaty – ok. (1579–1586), 57 × 44 cm, Muzeum Sztuk Pięknych w Bilbao Święty Franciszek otrzymujący stygmaty – ok. (1579–1586), 43 × 34 cm, dawniej Milicua Collection, Barcelona (obecne miejsce przechowywania nieznane)
Harold Wethey wszystkie inne kopie przedstawienia Franciszka, z wyjątkiem tej z pierwotnej kolekcji Pidala, kwalifikuje jako prace powstałe w pracowni El Greca lub kopie (włącznie z tą z Bilbao). W swojej dwutomowej monografii wyróżnia dziewięć wersji obrazu:
Święty Franciszek otrzymujący stygmaty – 1585–1590, 101 × 76 cm, Eskurial (kaplica) Święty Franciszek otrzymujący stygmaty – pocz. XVII, 104 × 80 cm, kol. prywatna, Sztokholm Święty Franciszek otrzymujący stygmaty – pocz. XVII, 122 × 104 cm, nieznana lokalizacja Święty Franciszek otrzymujący stygmaty – pocz. XVII, 114 × 105 cm, National Gallery of Art w Dublinie Święty Franciszek otrzymujący stygmaty – II poł. XVII, 141 × 110 cm, Museo Municipal de San Telmo Święty Franciszek otrzymujący stygmaty – pocz. XVII, 109 × 81 cm, Institite of Arts w Detroit Święty Franciszek otrzymujący stygmaty – pocz.