Po śmierci Jakuba V, Beaton aspirował do członkostwa w Radzie Regencyjnej, jednak bezskutecznie. Regentem Szkocji został James Hamilton, natomiast kardynał, podejrzewany o spiskowanie przeciwko niemu, został aresztowany. Wówczas papież wydał interdykt, w którym stwierdził, że wszystkie kościoły w Szkocji powinny zostać zamknięte, a udzielanie sakramentów zawieszone, co doprowadziło do zamieszek w wielu częściach kraju. Hamilton postanowił uwolnić Beatona, a ten niezwłocznie zwołał synod w St Andrews. Na zebraniu kardynał przedstawił zagrożenia jakimi były roszczenia Henryka VIII do tronu Szkocji i zebrał dużą sumę pieniędzy na ochronę praw narodowych. Większość szlachty przeszła na stronę Beatona, a regent przyznał się do błędu (w zakresie aresztowania) i powrócił na łono Kościoła katolickiego.