Latem 1915 Ishi udzielił wywiadu na temat swojego ojczystego języka Yana, który został nagrany i przestudiowany przez językoznawcę Edwarda Sapira, który wcześniej pracował nad północnymi dialektami. Dźwięk odzyskano dzięki technologii optycznej IRENE Carla Habera i Witalija Fadejewa. mały|Ishi w 1912 Nie mając nabytej odporności na powszechne choroby, Ishi często chorował. Był leczony przez Saxtona T. Pope'a, profesora medycyny na Uniwersytecie Kalifornijskim. Pope zaprzyjaźnił się z Ishi i nauczył się od niego, jak robić łuki i strzały według wzorców plemiennych Yahi. Często razem polowali. Ishi zmarł na gruźlicę 25 marca 1916. Mówi się, że jego ostatnie słowa brzmiały: „Zostań. Ja idę”. Jego przyjaciele z uniwersytetu próbowali zapobiec sekcji zwłok Ishi, ponieważ tradycja Yahi wymagała, aby ciało pozostało nienaruszone. Jednak lekarze ze szkoły medycznej Uniwersytetu Kalifornijskiego nie uszanowali prośby. Mózg Ishiego pozostawiono, a jego ciało zostało poddane kremacji. Przyjaciele złożyli w nagrobku wraz z jego szczątkami „jeden z jego łuków, pięć strzał, kosz mąki żołędziowej, pudełko pełne pieniędzy z muszelek, torebkę tytoniu, trzy pierścienie i kilka płatków obsydianu”. Szczątki Ishi zostały pochowane na cmentarzu Mount Olivet w Colma niedaleko San Francisco.