Nadzór Pedagogiczny sprawuje Kujawsko-Pomorski Kurator Oświaty.
Struktura Pracownia Humanistyczna Pracownia Edukacji Przedszkolnej i Wczesnoszkolnej Pracownia Edukacji Matematyczno-Przyrodniczej Pracownia Zarządzania i Diagnozy Pracownia Szkolnictwa i Doradztwa Zawodowego Pracownia Wychowania i Psychologicznej Pomocy Szkole
Historia Kujawsko-Pomorskie Centrum Edukacji Nauczycieli w Bydgoszczy powstało na mocy Zarządzenia nr 34 Wojewody Bydgoskiego z dnia 21 kwietnia 1989 roku w sprawie utworzenia z dniem 1 sierpnia 1989 roku Wojewódzkiego Ośrodka Metodycznego w Bydgoszczy. Wcześniej na terenie Bydgoszczy działał Instytut Kształcenia Nauczycieli im. Władysława Spasowskiego, który uległ likwidacji na mocy Zarządzenia nr 12 Ministra Edukacji Narodowej z dnia 25.01.1989 roku. Pod tą nazwą placówka funkcjonowała do 2000 roku.
Wtedy na mocy Uchwały Nr 35/2000 Sejmiku Województwa Kujawsko-Pomorskiego z dnia 21 lutego 2000 r. w sprawie zmiany nazwy jednostki budżetowej i nadania nowego statutu zaczęło funkcjonować Kujawsko-Pomorskie Centrum Edukacji Nauczycieli w Bydgoszczy, które działa do dziś.