W 2004 r. w wyniku współpracy Uniwersytetu Jagiellońskiego i Akademii Rolniczej w Krakowie powstał pierwotny projekt utworzenia międzyuczelnianej jednostki badawczej o nazwie Małopolskie Centrum Biotechnologii. Oficjalne otwarcie centrum miało miejsce 13 maja 2014 r. i towarzyszyło jubileuszowi 650-lecia utworzenia Akademii Krakowskiej. Po uzyskaniu wsparcia finansowego z Unii Europejskiej w ramach Projektu Operacyjnego Innowacyjna Gospodarka, łączny koszt budowy Centrum wyniósł 25 milionów euro.
W pobliżu Centrum znajdują się: Krakowski Park Technologiczny (specjalna strefa ekonomiczna) Life Science Park Wydział Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii Uniwersytetu Jagiellońskiego Instytut Nauk o Środowisku (Wydział Biologii) Instytut Geografii i Gospodarki Przestrzennej (Wydział Geografii i Geologii)
Kierownictwo MCB UJ
Dyrekcja
p.o. dyrektora MCB UJ - prof. dr hab. Grzegorz Dubin - od sierpnia 2025 r. z-ca dyrektora MCB ds. naukowych - dr hab. inż. Paweł Łabaj, prof. Uj z-ca dyrektora MCB ds.