Historia Wcześniejszy kościół w tym miejscu, o którym są pewne informacje, wybudowano w VI wieku z inicjatywy papieża Pelagiusza I i był on pod wezwaniem apostołów Jakuba i Filipa. Kościół ten był trójnawowy z trzema apsydami, z których środkowa była ozdobiona mozaiką. Papież Hadrian I w liście do Karola Wielkiego pod koniec VIII wieku wspomniał, że kościół jest bogato dekorowany mozaikami. Uważa się, że kościół w tym czasie miał również atrium, którego pozostałości mogą znajdować się pod obecnym placem. W IX wieku, za pontyfikatu papieża Stefana VI kościół odrestaurowano. W tym czasie władze miały problem z zapewnieniem ludności bezpieczeństwa przed grasującymi bandami i wiele kościołów podmiejskich zostało porzuconych. Relikwie przechowywane w nich, jak również w podmiejskich katakumbach, zostały sprowadzone do kościołów znajdujących się w obrębie murów miasta. Wtedy też do bazyliki trafiła duża liczba relikwii, m.in. świętych Eugenii, Klaudii oraz Chryzanta i Darii.