John Polkinghorne (ur. 16 października 1930 w Weston-super-Mare, zm. 9 marca 2021 w Cambridge) – brytyjski fizyk teoretyczny, teolog i pisarz. W swojej późniejszej karierze zajmował się badaniem relacji pomiędzy nauką a religią, za co w 2002 został odznaczony Nagrodą Templetona.
Życiorys Polkinghorne obronił licencjat z matematyki (1952) i uzyskał tytuł doktora fizyki (1955) na Trinity College. W latach 1968–1979 był profesorem fizyki matematycznej na Uniwersytecie w Cambridge. Zrezygnował ze stanowiska profesora na rzecz studiów teologicznych, zostając wyświęconym na księdza anglikańskiego w 1982. Od 1988 do 1996 pełnił funkcję prezesa Queens’ College (Cambridge).
Uważany jest za specjalistę od cząstek elementarnych i teorii pól kwantowych. Jest autorem 5 książek o fizyce i 26 książek poświęconych relacjom między nauką a religią, które przetłumaczone zostały na 18 języków, w tym kilka na język polski. W swoich książkach przedstawia stanowisko, że teologia i nauka mogą współgrać i nawzajem się uzupełniać. Broni też tezy, że naukę i religię więcej łączy niż dzieli, a łączy przede wszystkim szukanie prawdy o świecie.
W 1997 został odznaczony Orderem Imperium Brytyjskiego w stopniu Kawaler Komandor (KBE).