stworzono system klas sportowych w których szkolono młodszych zawodników, co przyniosło sukcesy w młodszych kategoriach wiekowych.
Kres potęgi klubu przyniósł kryzys gospodarczy końca lat osiemdziesiątych. Spowodował on znaczne ograniczenie finansowania Zawiszy przez wojsko. Wszystkie sekcje ograniczyć musiały wydatki i nabór młodych zawodników. Kryzys ten ciągnął się przez całe lata 90., choć równocześnie zawodnicy klubu zdobywali medale na mistrzostwach świata seniorów, a Jacek Streich zdobył w 1992 roku brązowy medal olimpijski. W związku z wycofywaniem się na początku XXI wieku z finansowania Zawiszy przez Ministerstwo Obrony Narodowej, w okresie tym sekcja wioślarska zdobywała jedynie pojedyncze medale mistrzostw Polski.
Znaczne zadłużenie klubu i zła sytuacja materialna wszystkich sekcji spowodowała reorganizację Zawiszy dokonaną w 2005 roku. Aby zachować ciągłość szkolenia, wszystkie sekcje klubu stały się niezależnymi jednosekcyjnymi stowarzyszeniami sportowymi, współtworząc jednocześnie zrzeszenie o nazwie Cywilno-Wojskowy Związek Sportowy „Zawisza”. Sekcja wioślarska stała się stowarzyszeniem CWZS „Zawisza” – Stowarzyszenie Wioślarskie.