W 1811 r. do Puebli dociera ruch niepodległościowy (na którego czele stał José María Morelos), ale powstańcy nie zdołali pokonać silnego oporu stawianego przez oddziały rojalistów. Do 1821 r. żadna ze stron nie zdobyła dominującej pozycji, dopiero armia poprowadzona przez Agustína de Iturbide zdołała pokonać wojska kolonialne i opanować Pueblę. W 1821 r. Puebla staje się częścią niepodległego Meksyku.
Praktycznie do 1867 Puebla była miejscem ciągłych walk o władzę nad krajem. Poszczególni pretendenci musieli opanować Pueblę aby rządzić Meksykiem, ze względu na jej strategiczne położenie w centrum kraju. 5 maja 1862 miała tu miejsce wygrana przez Meksykanów Bitwa pod Pueblą, gdzie pokonano armię francuską. Starcie to miało duże znaczenie moralne dla młodego narodu, który do tej pory ponosił same klęski (m.in. przegrana wojna ze Stanami Zjednoczonymi w 1848) i jest do dzisiaj obchodzone jako jedno ze świąt narodowych. Ostatecznie po pokonaniu interwencyjnych wojsk francuskich w 1867 roku Benito Juárez jako przywódca stronnictwa liberałów zaprowadza długo oczekiwany okres pokoju.