Po tragicznej śmierci trójki astronautów, którzy 27 stycznia 1967 zginęli w pożarze kabiny Apollo 1, harmonogram lotów został zmieniony, a załogi przeformowano. Listopad 1967 – został wyznaczony na pilota modułu dowodzenia statku Apollo 8. Podczas tej misji planowano przeprowadzenie prób modułu księżycowego LM w warunkach rzeczywistego lotu kosmicznego po orbicie okołoziemskiej. Latem 1968 okazało się jednak, że LM będzie gotowy do tego typu testów dopiero wiosną 1969. W tej sytuacji zamieniono kolejność lotów załóg wyznaczonych do misji Apollo 8 i Apollo 9. 3–13 marca 1969 – odbył lot kosmiczny na statku Apollo 9. Był dowódcą załogi rezerwowej podczas wyprawy Apollo 12. 26 lipca – 7 sierpnia 1971 – był dowódcą misji Apollo 15. Sierpień 1971 – wyznaczono go dowódcą załogi rezerwowej misji Apollo 17. Maj 1972 – został trwale odsunięty od udziału w lotach kosmicznych wskutek skandalu wywołanego faktem sprzedaży przez astronautów z załogi Apolla 15 blisko czterystu okolicznościowych kopert ze znaczkami, które bez wiedzy NASA ostemplowali podczas pobytu na Księżycu. 1972–1977 – pełnił różne funkcje w NASA, m.in. od 1975 do 1977 był dyrektorem Centrum Badania Lotu imienia Neila A.