Apollo 9 W dniach 3–13 marca 1969 jako pilot modułu dowodzenia wziął udział w locie statku kosmicznego Apollo 9. Dowódcą misji był James McDivitt, a Russell Schweickart – pilotem lądownika księżycowego. W trakcie lotu na orbicie okołoziemskiej po raz pierwszy zostały przeprowadzone próby modułu księżycowego w warunkach kosmicznych oraz konfiguracji przewidywanej dla planowanego lotu statku Apollo na Księżyc. W czasie prób McDivitt i Schweickart odcumowali lądownik od modułu dowodzenia i oddalili się od niego na około 160 km, a następnie przycumowali go z powrotem. 6 marca Scott odbył godzinny „spacer kosmiczny”. Stał w otwartym włazie modułu dowodzenia, fotografując Schweickarta pracującego na zewnątrz lądownika księżycowego. Po pomyślnym zrealizowaniu zadań lotu kapsuła z astronautami wodowała 13 marca 1969 na powierzchni Oceanu Atlantyckiego.