Podczas II wojny światowej świątynia straciła tylko jedno okno, ale 24 kwietnia 1993 została uszkodzona przez bombę podłożoną przez IRA (zapadł się dach, zniszczono okna i drzwi). Rok wcześniej irlandzka bomba uszkodziła też zewnętrzną stolarkę i okna. Renowacja trwała trzy i pół roku, ale w jej wyniku przywrócono kościołowi dawną świetność. W styczniu 1997 odbyło się w nim Święto Dziękczynienia.
Architektura Obiekt jest jednonawowy, z galerią i reprezentuje styl klasycystyczny. Elewacja frontowa, ambona i organy pochodzą z XVIII wieku.
W kościele znajduje się kaplica pamiątkowa Honorowego Pułku Artylerii i Księga Pamięci Brygady Strzelców Londyńskich.
Osoby Rejestry parafialne są kompletne począwszy od 1558. Pochowano tu m.in. małoletniego syna dramaturga Bena Jonsona. Parafianinem był tu sir Paul Pindar (zm. 1650), ambasador Jakuba I Stuarta w Turcji. Jego epitafium głosi, że był wierny w negocjacjach, światowy i domowy, wybitny w pobożności, miłości, lojalności i roztropności. Ochrzczono tu w 1566 aktora czasów szekspirowskich Edwarda Alleyna, założyciela Dulwich College, a w 1795 poetę Johna Keatsa. Kilku rektorów St. Botolph's zostało biskupami Londynu. Z kościołem związany był m.in. William Rogers (rektor w latach 1863-1896) reformator społeczny i filantrop.