W 1943 roku Niemcy zmienili nazwę szpitala na Bertha Spitzer Krankenhaus. Opuszczając dom i szpital Elżbietanek, 22 stycznia 1945 roku, wywieźli kil­kunastoma ciężarówkami zrabowane wyposażenie szpitalne. 3 lute­go 1945 opustoszały budynek zajęło wojsko radzieckie, ale już miesiąc później szpital przejęło Wojsko Polskie. Po kilku dniach ustąpiło ono jednak miejsca żołnierzom radzieckim, którzy przebywali w gmachu przy ul. Łąkowej do 19 listopada 1945. Po zakończeniu II wojny światowej szpital odebrano zakonnicom i upaństwowiono.

W styczniu 1946 roku uruchomiono placówkę ponownie, jako szpital miejski. 10 października 1949 obiekt przejął Zarząd Miejski (potem jako Prezydium Miejskiej Rady Narodowej) w Poznaniu, w bezpłatne użytkowanie. W październiku 1950 szpital przejął Wojewódzki Urząd Bezpieczeństwa Pu­blicznego do wyłącznego użytku. Urządzenia szpitalne rozwieziono do innych szpitali poznańskich. Siostry przeniesiono do szpitala (pierwotnie klasztoru) przy ul. Samuela Engla (obecnie ul. Niegolewskich). Po likwidacji Urzędu Bezpieczeństwa w 1954 roku właścicielem szpitala stało się na ponad 20 lat Ministerstwo Spraw Wewnętrznych.