Łabęcki nabawił się wskutek latania bez aparatury tlenowej.
Awansowany na stopień kapitana został ze starszeństwem z dniem 19 marca 1939 roku i 52. lokatą w korpusie oficerów lotnictwa – grupa liniowa. Na dzień 23 marca 1939 r. pełnił funkcję kierownika wyszkolenia ogólno-wojskowego w warszawskiej Szkole Podchorążych Lotnictwa – Grupa Techniczna. Jeszcze w marcu tego roku powrócił do 1 pułku lotniczego i objął eskadrę szkolną na Okęciu, a od czerwca 1939 roku dowodził dywizjonem szkolnym 1 pułku lotniczego (składającym się z eskadry szkolnej i eskadry treningowej).
Kampania wrześniowa i II wojna światowa Z chwilą ogłoszenia sierpniowej mobilizacji 1 pułk lotniczy uległ rozwiązaniu, a w jego miejsce powstała Baza Lotnicza Nr 1. Kapitan obs. Czesław Łabęcki na dzień 31 sierpnia 1939 roku piastował stanowisko dowódcy eskadry szkolnej w Bazie Lotniczej Nr 1. Eskadra pozbawiona rzutu kołowego i uzbrojenia przemieszczała się, pod jego dowództwem, w kierunku Białej Podlaskiej. W tym czasie została zbombardowana na Służewcu i w Mińsku Mazowieckim. Kpt. Łabęcki walczył z wojskami III Rzeszy i Armii Czerwonej w rejonach Mińska Mazowieckiego, Kałuszyna, Mrozów, Borek i Bedlna. Dołączył do Samodzielnej Grupy Operacyjnej „Polesie” gen. bryg. Franciszka Kleeberga i wziął udział w bitwie pod KockiemPodlegał wówczas rozkazom ppłk.