Od 3 października dowódcą batalionu został mjr Michał Daszczyszak. Natomiast od 20 października dowództwo objął mjr Antoni Piotrowski. Kompanie strzelców i plutony specjalne były rozwijane i zwijane w zależności od potrzeb. 1 kompania strzelców od sierpnia do listopada 1944 pełniła warty w porcie i mieście Taranto, 3 kompania strzelców w Bovino. Następowały zmiany kadrowe w batalionie.
18 grudnia 1944 do batalionu wartowniczego 7 Dywizji Piechoty z 21 bp przekazano wszystkich żołnierzy z kategorią zdrowia „D” oraz w wieku powyżej 35 roku życia. Wraz z nimi zostało przeniesionych 10 oficerów. Od tego czasu batalion specjalizował się w szkoleniu specjalistów dla piechoty i prowadził szkolenie podstawowe dla oddziałów pozadywizyjnych II Korpusu. Ochotników pozyskiwano z Obozu Przejściowego Jeńców nr 1 Bazy „Jolanda” oraz ochotników z oddziałów partyzanckich z Francji i terenu Bałkanów. 21 batalion jesienią i zimą 1944 szkolił żołnierzy z zakresu szkolenia podstawowego dla tworzonego 2 batalionu komandosów, rozbudowywanych jednostek artylerii, broni pancernych i kawalerii pancernej.