Na planie Braniewa z 1635 roku Paula Stertzla i Conrada Götke kościół nie został naniesiony, jednak nie przesądza to o jego obecności, gdyż do celów wojskowych pominięto na nim również inne, zaburzające potęgę twierdzy, dzielnice i obiekty (jak Koźlin czy Nowe Miasto Braniewo).
W okresie od września 1709 roku do marca 1711 Braniewo nawiedziła epidemia dżumy. W ciągu półtora roku liczba ludności w mieście zmniejszyła się o 1/3. Chorych umieszczano w domach dla trędowatych i barakach położonych poza bramami miasta. W samym Braniewie zmarło wówczas 1050 osób, a na obszarze parafii braniewskiej do 8 tys. osób. Największa śmiertelność była wśród ludności Nowego MiastaFlis, Stanisław Dżuma na Mazurach i Warmii w latach 1708-1711 Komunikaty Mazursko-Warmińskie nr 4, 473-523 1960. Cmentarze nie mogły pomieścić zmarłych. Licznych zmarłych grzebano poza murami miasta, tj. m.in. na cmentarzu św. Rocha (tzw. dżumowym), cmentarzu przy kościele Świętego Krzyża w Braniewie, ale najwięcej ofiar zostało pochowanych właśnie na cmentarzu św. Jana (który zwykle był przeznaczony dla osób należących do trzeciego i czwartego stanu). Procentowo liczba pochówków ofiar dżumy w okresie od września 1709 do grudnia 1710 roku przedstawiał się następująco: cmentarz św.