75,1% udziałów w Abellio GmbH zostało sprzedanych brytyjskiej grupie Star Capital Partners, 12,6% pozostało we własności EVV, natomiast pozostałe trafiły do zarządu spółki. W 2005 r. Abellio wraz z innymi przedsiębiorstwami z Niemiec utworzyły spółkę Westfalenbahn, która od 2007 r. rozpoczęła obsługę czterech linii w północno-zachodnich Niemczech.
W 2008 r. Abellio GmbH zostało wykupione przez koleje holenderskie i wcielone do nowo powstałej spółki Abellio Transport Holding (włączono do niej także NedRailways). W 2010 r. oddano do użytku zaplecze utrzymania taboru kolejowego w Hagen, a dwa lata później założono spółkę Abellio Rail Mitteldeutschland GmbH po wygranym przetargu na obsługę linii w regionie Soława–Turyngia–Südharz. Pociągi Abellio Mitteldeutschland wyjechały na tory w 2015 r. W tym samym roku przeniesiono siedzibę spółki z Essen do Berlina. W 2016 r. Abellio Rail NRW rozpoczęło obsługę połączenia do holenderskiego Arnhem, a rok później na trasie w ramach S-Bahn Rhein-Ruhr.
W 2017 r. Abellio GmbH przejęło 100% udziałów w Westfalenbahn. W 2015 r. nowa spółka Abellio Rail Südwest GmbH wygrała przetarg na obsługę połączeń na sześciu liniach w Badenii-Wirtembergii od 2019 r. W 2016 r. zmieniono nazwę spółki na Abellio Rail Baden-Württemberg.