Działania wojenne wstrzymały działalność klubu, a sprzęt pływający został zagrabiony przez Niemców. Wielu członków ChTW było represjonowanych – jako działacze patriotycznych organizacji polskich. Część z nich zginęła rozstrzelana przez Niemców lub zamęczona przez w obozach zagłady. Przystań przetrwała okupację.

Okres po II wojnie światowej Zawodnicy, którzy przeżyli wojnę, działalność ChTW wznowili już w roku 1945. Podstawowym problemem był brak sprzętu pływającego. W roku 1946 ówczesny prezes, Józef Durczewski, lokalny przedsiębiorca, podarował klubowi trzy łodzie półwyścigowe, co pozwoliło wznowić treningi na wodzie.

Z uwagi na poważne trudności finansowe, i w związku z komunistyczną reformą sportu, Chełmżyńskie Towarzystwo Wioślarzy zostało włączone jako sekcja wioślarska w struktury lokalnego Związkowego Klubu Sportowego „Związkowiec” (kontynuatora klubu „Legia” Chełmża). „Związkowiec" dotowany był przez lokalną cukrownię, co pozwoliło to na zakup łodzi sportowych i na wznowienie działalności wyczynowej. W roku 1951 „Związkowca” (w tym sekcję wioślarską) wcielono w skład Związkowego Klubu Sportowego „Spójnia”.