W nocy z 12/13 czerwca załoga opuściła fort, a Francuzi wkrótce przejęli nad nim kontrolę.
11–12 czerwca: Negocjacje i kapitulacja thumb|Sztych z epoki przedstawiający kapitulację Malty przed Napoleonem Ostatecznie Rada postanowiła poprosić o zawieszenie broni. Początkowo, aby złożyć list do Francuzów z prośbą o zawieszenie broni, wybrany został de Fremaux, konsul Republiki Batawskiej. Zamiast niego, w związku z jego podeszłym wiekiem, wysłany został Mélan, członek jego personelu. Przybył on na francuski okręt flagowy „L’Orient” o dziewiątej 11 czerwca. Mélan wrócił z ustnym przesłaniem, że Napoleon wyśle posła; około godziny 12 generał Junot przybył z małą delegacją. Dołączyło do niego wielu rycerzy Zakonu, którzy sympatyzowali z Francuzami, w tym Ransijat, który został uwolniony po krótkim uwięzieniu.
Hompesch i członkowie Rady Stanu przyjęli wysłanników i zgodzili się na 24-godzinne zawieszenie broni, podczas którego negocjacje będą kontynuowane na pokładzie „L’Orient”. 12 czerwca Napoleon i przedstawiciele Zakonu oraz Maltańczyków podpisali umowę, w której Zakon poddał Vallettę i fortyfikacje wysp maltańskich, oraz przekazał Francuzom władzę nad wyspami.