Na brzegu pojawiły się trzy bataliony 4. pułku lekkiej piechoty i dwa bataliony 19. pułku liniowego, napotykając niewielki opór kilku kompanii maltańskiego pułku, który wycofał się do Valletty. Siły francuskie otoczyły miasto, dołączyły do nich oddziały Desaixa po przejęciu kontroli nad Marsaxlokk. Szpitalnicy bronili się, następnie próbowali kontrataku i wysłali oddziały przeciwko Francuzom, którzy zaczęli się wycofywać. Rycerze i Maltańczycy posuwali się naprzód, ale zostali zaatakowani przez batalion 19. pułku liniowego. Francuzi rozpoczęli wówczas kontrofensywę, a obrońcy wycofali się z powrotem do ufortyfikowanego miasta.

Po otoczeniu Valletty Vaubois poprowadził niektóre oddziały do starej stolicy Mdiny, dokąd wycofały się pozostałe oddziały milicji. Na posiedzeniu rady miejskiej w pałacu biskupim zdecydowano, że opór jest daremny i zgodzono się na kapitulację miasta, jeśli religia, wolność i prawa własności ludności będą respektowane. Około godziny 12 uzgodniono warunki i miasto poddało się generałowi Vaubois.

Atak na Gozo i zdobycie wyspy thumb|Wieża Isopu, ulokowana blisko miejsca desantu, której załoga stawiała opór inwazji