Wellington zrzucił w miejscu zanurzenia okrętu sześć bomb głębinowych, po czym mimo uszkodzeń doleciał do bazy. 28 października jednostka została zaskoczona na powierzchni wraz z ochranianym przez nią podwodnym zbiornikowcem U-220 przez dwa samoloty z lotniskowca eskortowego USS „Block Island” (CVE-21). Podczas walki „U-flak 2” doznał poważnych uszkodzeń, w wyniku których zmuszony był do przerwania misji i skierowania się do bazy. 16 listopada o godzinie 2:08 na przybliżonej pozycji jednostka została wykryta przez bombowiec Halifax Mk II z 502. Dywizjonu RAF. Samolot przeleciał około 200 metrów za rufą U-Boota, który otworzył ogień trafiając samolot w końcówkę prawego skrzydła. W czasie kiedy Halifax wykonywał zwrot, okręt podwodny wykonał manewr alarmowego zanurzenia. „U-flak 2” powrócił do bazy w Breście 17 listopada, po rejsie trwającym 45 dni.
Negatywne doświadczenia związane z użyciem U-Bootów przeznaczonych do zwalczania samolotów spowodowały podjęcie decyzji o ponownej przebudowie okrętu na konwencjonalną jednostkę torpedową. Zdemontowano dwa poczwórne zestawy Flakvierling kal. 20 mm, instalując w zamian dwa zdwojone stanowiska działek tego samego kalibru i typu.