Lata 90. – współczesność thumb|Juraj Jakubisko, 2015 Od 1993 Jakubisko mieszkał w Pradze i tam zrealizował trzy ostatnie filmy: Niepewne wiadomości o końcu świata (1997), Post coitum (2004) i Bathory (2008). W chwili powstania, Bathory była najdroższą czeską i słowacką produkcją filmową w historii, z budżetem 400 milionów koron słowackich. Producentką filmu była Deana Jakubisková-Horváthová, prywatnie żona Jakubiski.
W 2008 Jakubisko otrzymał Kryształowy Globus za wkład w kino światowe podczas Międzynarodowego Festiwalu Filmowego w Karlowych Warach. Był dwukrotnie nagrodzony przez Czeską Akademię Filmową i Telewizyjną Czeskim Lwem: w 2002 za wieloletni wkład w czeską kinematografię i w 2008 za film Bathory. W 2016 Jakubisko został odznaczony przez prezydenta Czech Václava Klausa Medalem Za Zasługi I stopnia w dziedzinie sztuki.
Od 2001 Jakubisko wykładał na Wydziale Filmowym i Telewizyjnym Akademii Sztuk Scenicznych w Pradze. Był członkiem Europejskiej Akademii Filmowej.
Zmarł 24 lutego 2023 roku w Pradze w wieku 84 latJuraj Jakubisko odišiel do večnosti, zostali nám nesmrteľné filmy .