Klarnetnik brązowy znany jest też ze szczątków subfosylnych przechowywanych w Waszyngtonie. Nie przez wszystkich autorów jest uznawany za podgatunek klarnetnika bladego. Autorzy HBW uznają go za odrębny gatunek, podobnie jak BirdLife International, IUCN klasyfikuje go osobno. Fleischer wspominał o nieopublikowanych wynikach badań genetycznych mających świadczyć o słuszności rozdzielania klarnetnika brązowego i bladego jako osobnych gatunków.
† M. l. lanaiensis (S.B. Wilson, 1891) – klarnetnik blady – opisany przez Wilsona w 1891 bez podania liczby zbadanych osobników; jedynym wspomnianym wymiarem była długość skrzydła. Wiadomo, że był to więcej niż jeden okaz, ptaki pozyskano w czerwcu 1888. W 1980 znano 44 okazy muzealne. W posiadaniu miały je instytucje w Cambridge (Anglia), Cambridge (Massachusetts), Dreznie, Edynburgu, Honolulu, Lejdzie, Nowym Jorku, Paryżu, Filadelfii, Tring i Waszyngtonie. M. l. rutha (Bryan, 1908) – podgatunek z Molokaʻi, opisany w 1908 przez Williama Alansona Bryana pod nazwą Phæornis rutha. Epitet gatunkowy ma upamiętniać jego żonę. Wskazał trzy okazy typowe: samca odłowionego 30 kwietnia 1907, samicę odłowioną 22 kwietnia 1907 i młodocianego samca odłowionego 25 maja 1907. Wszystkie przekazano do Bernice Pauahi Bishop Museum w Honolulu. Jest to najlepiej poznany podgatunek.