Liczne publikacje dotyczyły konieczności utrzymania tropikalnej różnorodności biologicznej poprzez racjonalną ochronę naturalnych ekosystemów. Wraz z Winnie Hallwachs zbudował podstawy dla utworzenia Parku Narodowego Guanacaste w północno-zachodniej Kostaryce (zob. geografia Kostaryki) i całego systemu parków narodowych Kostaryki (Área de conservación Guanacaste, ACG). W 1999 roku obszar został wpisany na Listę światowego dziedzictwa UNESCO). Zabiega o fundusze na utrzymanie ACG oraz o upowszechnienie wiedzy społeczeństwa o znaczeniu dzikich terenów tropikalnych dla zrównoważonego rozwoju i indywidualnej jakości życia w tropikach i w skali globalnej.
Janzen zaleca stosowanie technik ochrony środowiska w możliwie największym stopniu wykorzystujących procesy zachodzące w naturalnych cyklach biogeochemicznych (uważa, że ludzkie społeczności są częścią ekosystemów). Przykładem takiego działania był kontrowersyjny eksperyment zespołu Princeton University (T. Treuer, D. Janzen, W. Hallwachs i in.), przeprowadzony w 1998 roku w porozumieniu z producentem soków pomarańczowych Del Oro, działającym w bezpośrednim sąsiedztwie Parku Narodowego Guancaste. Firma uzyskała zgodę na swobodne nieodpłatne składowanie odpadowej skórki pomarańczowej z produkcji na przekazanej parkowi części swojego terenu (praktycznie martwego).