Używanie terminu flaga państwowa jest bardziej oczywiste w państwach wielonarodowych i wielonarodowościowych, oraz w tych, gdzie naród i państwo postrzega się jako dwie zasadniczo odmienne jakości.
Niejednoznaczność wynika też z tego, że w niektórych państwach istnieje odrębna flaga przeznaczona dla instytucji państwowych nazywana właśnie flagą państwową (na język polski termin ten bywa tłumaczony jako flaga urzędowa), oraz odrębna flaga przeznaczona dla prywatnych obywateli, zwana na ogół flagą cywilną. Obie zaś są określane łącznie jako flaga narodowa. Na ogół flaga urzędowa posiada herb państwowy, a flaga cywilna go nie posiada. Przykładem takiego rozwiązania są Niemcy. Sytuacja w Polsce, gdzie istnieje tzw. flaga z godłem i flaga bez godła, nie jest identyczna z powyższym podziałem, gdyż oficjalny zakres użycia flagi z godłem jest bardzo ograniczony.
Trzecim wariantem flagi narodowej może być flaga wojenna – jest to odrębny wariant flagi państwowej lub narodowej przeznaczony dla sił zbrojnych. Występuje on lub występował tylko w nielicznych państwach. W Polsce zasadniczo flaga wojenna nie występuje, choć w pewnym zakresie jej rolę spełnia flaga lotnisk i lądowisk wojskowych.