Kościół San Michele in Isola (kościół św. Michała na Wyspie) – rzymskokatolicki kościół w Wenecji, na wyspie San Michele, dedykowany św. Michałowi Archaniołowi. Administracyjnie należy do Patriarchatu Wenecji.
Jest pierwszym kościołem zaprojektowanym przez Maura Codussiego w Wenecji i zarazem pierwszym kościołem renesansowym w tym mieście.
Historia Pierwotny kościół Pierwotny kościół został założony w X wieku i poświęcony Archaniołowi Michałowi. Zbudowano też klasztor, w którym w latach 1212–1818 mieszkali kameduli. Wśród nich był brat Capellari, który później został papieżem (jako Grzegorz XVI), oraz znany kartograf Fra Mauro, którego imieniem nazwano jeden z kraterów na Księżycu. Kościół ten został rozbudowany i konsekrowany w 1221 roku.
Obecny kościół mały|left|240px|Canaletto, Widok na San Cristoforo, San Michele i Murano z Fondamenta Nuove w Wenecji, 1722–1723, Dallas Museum of Art W 1436 roku rozpoczęto budowę niewielkiego klasztoru. Dwadzieścia lat później zbudowano kampanilę. Z około 1436 roku pochodzi posąg Michała Archanioła, ukazanego w momencie przebijania smoka, dzieło gotyckiego mistrza, prawdopodobnie pochodzenia toskańskiego. W latach 1469–1478 kościół został przebudowany w obecnym kształcie przez Maura Codussiego, który wcześniej pracował dla kamedułów w Rawennie.