W fazie pucharowej mogły wystąpić remisy w poszczególnych meczach a w przypadku remisu w dwumeczu - zarządzane miały być rzuty karne§9, ust. 8 Regulaminu rozgrywek ligi zawodowej w piłce ręcznej mężczyzn „PGNiG SUPERLIGI”.
Zgodnie z regulaminem rozgrywek w sezonie 2019/2020 po zakończeniu rundy zasadniczej, drużyny miały zostać podzielone na dwie grupy:
pierwsze osiem drużyn utworzyć miało pary ćwierćfinałowe pozostałe sześć drużyn rozegrać miało mecze o utrzymanie w Superlidze
Zespołom, które po rundzie zasadniczej zajęły miejsca 9-14, miały mieć wyzerowane punkty oraz przyznane punkty bonusowe za zajęte miejsce po sezonie zasadniczym: 9. miejsce - 6 punktów, 10. miejsce - 5 punktów, 11. miejsce - 4 punkty, 12. miejsce - 3 punkty, 13. miejsce - 2 punkty. Drużyny te miały rozegrać rundę systemem mecz-rewanż o utrzymanie w PGNiG Superlidze. Ostatni zespół miał spaść do I ligi a zespół, który zajął miejsce 13. miał rozegrać dwumecz barażowy z drugim zespołem z turnieju finałowego I ligi.
Ostatecznie jednak ze względu na pandemię koronawirusa rozgrywki zakończono po rozegraniu 1 meczu 25. kolejki, w związku z czym nie rozegrano rundy finałowej.