Dzieli plan krzyża greckiego z kościołem Santa Maria Formosa, ale ma bardziej pionowe proporcje z uwagi na szczupłość miejsca, w którym powstał.
Na mocy dekretu napoleońskiego Królestwa Włoch z 5 czerwca 1805 roku (oraz kolejnych dekretów) zainicjowano w Wenecji proces kasat i przekształceń kościołów i klasztorów oraz zmian granic parafii. Dekretem z 1807 roku w obręb parafii San Giovanni Crisostomo włączono teren zniesionej parafii Santa Maria Nova, ale już w 1810 roku sama parafia San Giovanni Crisostomo została zniesiona, a jej teren włączono w obręb parafii San Canciano Martire, zaś kościół San Giovanni Crisostomo został zdegradowany do rangi kościoła filialnego.
W lutym 1918 roku podczas nalotu fasada kościoła została uszkodzona.
Architektura Fasada Fasada wychodzi na główną ulicę, natomiast gdy ściany boczne są zwrócone w stronę niewielkich placów. Reprezentuje typowy schemat Codussiego z wpływami toskańskimi. Jest trzyczęściowa z półokrągłymi szczytami i wykończona gładzią szpachlową.