cerkwi zostało ledwie 12 tys., a życie religijne przeniosło się do katakumb. Pomimo brutalnych prześladowań założenia pięciolatki nie zostały wykonane, a terror nie zmusił ludzi, aby odeszli od wiary. Z powodów sytuacji międzynarodowej rozprawę z religią odłożono na później. Udało się jednak wyeliminować całkowicie Kościół katolicki, do 1939 roku aresztowano wszystkich katolickich kapłanów. Szacuje się, że pod koniec lat 20. i w latach 30. zamordowano 80 000 duchownych wszystkich wyznań.
Sytuacja cerkwi zmieniła się po ataku III Rzeszy na ZSRR. Metropolita moskiewski wezwał do obrony ojczyzny. Stalin był zmuszony pójść na ustępstwa i zgodził się, aby Cerkiew otworzyła fundusz obrony kraju, a dyktator zmienił język swoich przemówień. W ZSRR ogłoszono amnestię dla duchownych, zawieszony został Związek Wojujących Bezbożników i publikacje antyreligijnych ulotek.
Po wojnie wróciły prześladowania religijne, ale na mniejszą skalę, Związek Wojujących Bezbożników w 1947 roku zamieniono na Wszechzwiązkowe Towarzystwo "Wiedza”, które miało mniejsze cele od pierwowzoru.