Zniesienie liczy jedno jajo. Wymiary 355 jaj z Wyspy Bożego Narodzenia: 52–68,9 na 39–48,1 mm. Inkubacja trwa około 41 dni, wysiadują obydwa ptaki z pary. Stosunek samców do samic wśród klujących się piskląt jest bliski 1:1, inaczej niż u fregat średnich i wielkich. Ząb jajowy piskląt utrzymuje się około tygodnia. Młode do 14. dnia życia stają się pokryte krótkim białym puchem, mają nagie gardło i szyję. Ich skóra jest jasna, szaroniebieska, niemalże biała. Mają ciemnobrązową tęczówkę i dziób barwy od jasnoszarej po brudnobiałą. Barkówki wyrzynają się około 21. dnia życia. Po 21–25 dniach pojawiają się na przodzie głowy rdzawe pióra, do 42. dnia wyrastają pokrywy drugiego rzędu, do 49. – pierwszego, do 56–60. dnia – lotki II rzędu i sterówki, do 60–70. dnia – lotki I rzędu. Na Aldabrze przeciętnie młode opierzały się po 145–179 dniach życia. Fregaty małe są karmione przez rodziców jeszcze 5–8 miesięcy po opierzeniu, a kolonię opuszczają 5–12 miesięcy po opierzeniu.