Wierzch ciała również jest czarno ubarwiony, wyróżnia się szeroka płowa krawędź skrzydła. Dziób różowy lub podobnej barwy, obrączka oczna czerwona. Nogi różowawe lub czerwone. Ogon u fregat małych jest rozwidlony. Skok krótki i opierzony.
U osobników młodocianych głowa, gardło i górna część szyi są czerwonobrązowe (barwa ta ma głębsze nasycenie niż u fregat średnich), w znoszonej szacie o niejednolitym ubarwieniu. Wierzch ciała czarny z jaśniejszą krawędzią skrzydła. Obecna szeroka czarna przepaska na piersi. Spód ciała biały, nieco bieli wcina się również w czarne nasady skrzydeł. Spód ciała na obszarze za nogami czarny. Dziób jasnoszary, często z ciemną końcówką górnej szczęki. Obrączka oczna jasna lub brązowa. Tęczówka brązowa. Nogi mają nijaką, trudną do opisania brązowawą lub różowawą barwę. Wraz z wiekiem głowa fregat małych bieleje i zyskuje po bokach rdzawy nalot. Broda i gardło rude. W miarę wzrostu ptaka przepaska na piersi rozpada się, nadając brzuchowi nakrapiany wygląd. Później fregata mała stopniowo zyskuje szatę dorosłą. U osobnika w niewoli pierwsza szata młodociana utrzymywała się ponad dwa lata. Prawdopodobnie w warunkach naturalnych szata dorosła występuje u osobników nie młodszych niż 5 lat.