Fregaty małe odzywają się wyłącznie przy lądowaniu, popisach lub pościgach. Większość wokalizacji ma miejsce w sezonie lęgowym. Samce obwieszczają swoje przybycie serią krótkich gwizdów brzmiących jak weese-weese-weese, samice – wysokim chipar, chip-ar (zapis w transkrypcji angielskiej). Popisujące się samce wyraźnie odróżniają się od fregat średnich i białobrzuchych (F. andrewsi) odgłosami podczas toków: nie szczebioczą, a jedynie klekoczą dziobem i gwiżdżą, prezentując swój worek gardłowy oraz wchodząc w interakcje z samicą, gdy ta wyląduje. Zarówno samiec, jak i samica klekoczą. Do innych odgłosów wydawanych przez fregaty małe należą piski i jęki, być może odzywają się tak jedynie samice.
Pożywienie Pożywieniem fregat małych są głównie ryby, szczególnie ptaszorowate (Cypselurus, Exocoetus, Oxyporhamphus) długości 10–20 cm i kałamarnice. Występują sezonowe zmiany w proporcjach zdobyczy: w porze deszczowej fregaty małe spożywają mniej kałamarnic i Cypselurus.