Wziął udział w kampanii wrześniowej, w czasie której znalazł się w niewoli. Był więziony kolejno w obozach Arnswalde, Gross Born, Osterode, Dössel. Z ostatniego uciekł w 1943 r. Wziął udział w powstaniu warszawskim jako żołnierz Armii Krajowej.
Po II wojnie światowej, w latach 1945–1948 kierował Wydziałem Handlu Zagranicznego „Społem” oraz był dyrektorem naczelnym Polskiego Towarzystwa Handlu Zagranicznego „Varimex”. Należał do PPS, odmówił jednak wstąpienia do PZPR w momencie łączenia z PPR. W wyniku tej decyzji został zmuszony do zaprzestania działalności w gospodarce. Podjął pracę naukową w Wyższej Szkole Ekonomicznej w Sopocie, gdzie wykładał ekonomię handlu zagranicznego, pisząc jednocześnie podręcznik z tego zakresu.
Od 1959 do końca życia należał do Polskiej Akademii Nauk. Kierował Pracownią Ogólnych Problemów Organizacji Pracy, utworzoną przez Tadeusza Kotarbińskiego dla rozwijania prakseologii. W Pracowni seminaria prowadzili, oprócz Jana Zieleniewskiego, m.in. profesorowie Tadeusz Kotarbiński, Stanisław Kowalewski, Marian Mazur, Klemens Szaniawski i Wojciech Gasparski. Pracownia przekształcona została w Zakład Prakseologii PAN, prowadzący m.in. studium doktoranckie.
Współpracował również z Uniwersytetem Łódzkim, kierował tam Katedrą Teorii Organizacji.