W dolnej części znajdują się dwie kaplice, kopie kaplic w Asyżu: Porcjunkuli oraz kaplica grobu św. Franciszka. Na tyłach kaplicy św. Franciszka znajdują się: krypta (z sakramentem pokuty) oraz kaplica Boskiego Miłosierdzia. Strop dolnego kościoła o kształcie krzyża ma powierzchnię 100 m².
Na zewnątrz, nad wejściem do kościoła znajduje się, wyrzeźbiona przez o. Wawrzyńca, kopia krzyża z San Damiano.
Na wzór krypty w bazylice w Asyżu, wykuta została okrągła krypta o promieniu 8 metrów.
Symbolika Teren przeznaczony pod budowę kościoła miał kształt zbliżony do trójkąta. W rozwidleniu dróg, które go obejmowały, znajdowała się figura Matki Bożej z Dzieciątkiem, ufundowana w 1893 roku przez Józefa Czardybona z żoną. Kościół i klasztor, które miały na tym terenie powstać, zgodnie z zamysłem autora, miały być inspirowane miejscami związanymi z życiem św. Franciszka z Asyżu. Zastosowanie dolomitu ma nawiązywać do architektury Umbrii, beton barwiony na brązowo nawiązuje do umbry – koloru ziemi umbryjskiej. Zacheuszki wykonane są z różowego dolomitu sprowadzonego w tym celu z Asyżu. W budynki wkomponowane są kopie dwóch ważnych w życiu św. Franciszka obiektów – kaplicy Porcjunkuli w bazylice Najświętszej Marii Panny od Aniołów w Asyżu (odtworzono wymiary oraz układ kamieni, bez polichromii) oraz grobu św. Franciszka z bazyliki św.