W 1735, kiedy proboszczem w Xewkiji był ks. Pietro Aquilina (A. Ferres podaje błędną datę 1719), obraz tytularny św. Bartłomieja został zastąpiony przez nowy, przedstawiający Madonnę z Dzieciątkiem Jezus i św. Bartłomieja, oraz dusze czyśćcowe, autorstwa Giana Nikoli Buhagiara. Od tego czasu kościół jest znany pod wezwaniem „il-Madonna tal-Ħniena” – Matki Bożej Miłosierdzia.
W 1798, kiedy wyspa Gozo powstała przeciw Francuzom, rozegrała się potyczka na placu/cmentarzu przed kościołem. Wszyscy Francuzi zginęli; jeden z nich, przy którym znaleziono szkaplerz, został pochowany na cmentarzu, pozostałych wrzucono do studni cmentarnej. Od tej pory nazywano ją „studnią Francuzów”.
Pewne prace remontowe wokół kościoła zostały poczynione w 1895 przez miejscowego proboszcza Pietro Paolo Ciantara, zaś w 1933 proboszcz Ġużepp Attard rozbudował kościół, zbudował nową zakrystię i dużą salę do nauki katechizmu. Bracia Xerri podarowali też spory kawałek ziemi, aby powiększyć teren wokół kościoła.
13 grudnia 1944 kościół przeszedł pod zarząd Sióstr Dominikanek z pobliskiego klasztoru. Siostry opiekowały się kościołem do 12 grudnia 1991.